关于出纳离职时私自扣发工资三千，公司到法院起诉是否会立案的问题，需要结合具体情况分析。
公司就出纳私自扣发工资三千起诉，法院通常会立案，但需区分不同情况：
1. 若公司能提供明确证据证明出纳存在私自扣发工资的行为（如工资发放记录、出纳的操作凭证等），且诉讼请求清晰（要求返还扣发的三千元），法院会受理立案。
2. 若公司无法提供出纳私自扣发工资的直接证据，或诉讼请求不明确（如未说明扣发金额对应的具体事实），法院可能要求补充材料后再决定是否立案。
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针对公司起诉出纳私自扣发工资三千是否立案的问题，可依据相关法律规定进行分析。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条规定，起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。公司作为工资发放的主体，与出纳私自扣发工资的行为有直接利害关系，若能明确被告（出纳）、具体诉讼请求（返还三千元）及事实理由（出纳私自扣发工资的证据），且属于法院管辖范围，即符合立案条件，法院应当立案。
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出纳离职时私自扣发工资三千，可能存在以下法律风险点。
1. 证据不足的风险：若公司无法提供出纳私自扣发工资的直接证据（如财务系统操作记录、出纳的确认函等），可能导致法院驳回诉讼请求。例如，公司仅以工资发放总额减少为由主张出纳扣发工资，但无法证明该减少是出纳私自操作导致的，法院可能不支持公司的请求。
2. 诉讼时效风险：若公司在出纳扣发工资后超过三年才起诉，出纳可能以诉讼时效已过为由抗辩，导致公司无法通过诉讼追回扣发的工资。例如，出纳在2020年离职时扣发工资，公司直到2024年才起诉，出纳提出时效抗辩，法院可能驳回公司的诉讼请求。
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在处理出纳私自扣发工资三千的纠纷时，需避免以下常见错误操作。
1. 未收集直接证据就起诉：若公司仅口头主张出纳扣发工资，未提供工资记录、操作凭证等直接证据，可能导致法院不立案或败诉。
2. 超过诉讼时效起诉：根据《民法典》规定，一般诉讼时效为三年，若公司在出纳扣发工资三年后才起诉，可能因时效已过而丧失胜诉权。
3. 选择错误的管辖法院：若向无管辖权的法院起诉，法院会不予受理或移送管辖，延误纠纷处理时间。
若您对如何避免这些错误操作有疑问，建议进一步咨询律师，确保维权过程合法有效。

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